Quy chế phối hợp giữa 2 đơn vị nhằm bảo đảm việc thực hiện các hoạt động tố tụng tuân thủ đúng quy định của Bộ luật tố tụng hình sự và quy định của pháp luật có liên quan, bảo đảm công tác điều tra, truy tố, xét xử đúng người, đúng tội, đúng pháp luật, không bỏ lọt tội phạm, hạn chế đến mức thấp nhất việc tạm đình chỉ điều tra, trả hồ sơ để điều tra bổ sung…liên quan đến tội phạm về ma túy. Như việc phối hợp trong việc tiếp nhận, giải quyết tố giác, tin báo và kiến nghị khởi tố về tội phạm ma túy, phối hợp trong việc áp dụng các biện pháp ngăn chặn, khởi tố, điều tra, truy tố và xét xử, phối hợp trong công tác kiểm tra, hướng dẫn, chỉ đạo địa phương, giải quyết khiếu nại, tố cáo và tương trợ tư pháp.
Quy chế phối hợp giữa hai đơn vị được xây dựng trên tinh thần nhất trí cao với những nội dung rất chi tiết, chặt chẽ và toàn diện. Hai bên nhất trí định kỳ hàng năm tổ chức đánh giá, rút kinh nghiệm việc thực hiện Quy chế này để có những điều chỉnh kịp thời, nhằm triển khai đồng bộ hiệu quả đảm bảo yêu cầu nhiệm vụ của hai cơ quan.